La historia conocida de Malabo se inicia en 1472, cuando el marino Fernando Poo, natural de Portugal, descubre en una de sus travesías la Isla de Bioko, también conocida como Isla de Poo en honor a su creador. A partir de esos momentos surgen intentos de colonizar la isla con la construcción de fábricas y el desarrollo de la agricultura basada en la caña de azucar.

Esos inicios no fueron sencillos, no en vano, los insulares los tuvieron durante años en jaque. En el Siglo XVIII los portugueses ceden el poder y el contros de la isla a los españoles, concretamente fue en 1777 con el tratado de San Ildefonso. En él, los portugueses cedieron a los españoles el contros de más de 750,000 kilómetros cuadrados en la costa africana a cambio de unos territorios en Brasil. España no estuvo pendiente y Gran Bretaña ocupó la zona.

Cuando Gran Bretaña ocupó la isla donde está Malabo, en el norte, concretamente donde hoy se erige la ciudad, construyó una base naval desde donde los barcos británicos zarpaban en la persecución de los marinos que traficaban con esclavos.

Años después la Isla volvió a manos españolas, Port Clarence pasó a llamarse Santa Isabel, ciudad que fue nombrada capital del país el 12 de octubre de 1968, año en el que Guinea Ecuatorial se independizó de España, sustituyendo a la anterior capital del país, Bata, ubicada en la Guinea Continental. Posteriormente, el nombre de la ciudad pasó a ser Malabo, en honor al último Rey de los bubi, autóctonos del lugar que defendieron su tierra de la invasión española.

Posteriormente vinieron años de convulsión por tomar el poder, de represiones, de situaciones de tensión políticas por la represión y las dictaduras, pero hoy en día la ciudad está en vías de desarrollo, y el turismo está fomentando ese desarrollo.

Su economía, además de lo turístico, gira en torno a su puerto comercial con líneas con la península, especialmente con Camerún y con Bata, y en la ciudad la construcción también está limpiando el ambiente.